Comunicación con la Tierra
Tras el lanzamiento, la ESA será responsable de las operaciones de los dos orbitadores hasta que lleguen a su órbita en Mercurio.
Durante el viaje, el Centro Europeo de Operaciones Espaciales (ESOC) de Darmstad (Alemania) coordinará las operaciones de la nave a través de enlaces de comunicaciones con la red de estaciones terrestres de la ESA, con antenas de 35 m de diámetro como la de Cebreros (España), que constituye la estación terrestre principal para BepiColombo, y la de Malargüe (Argentina). Esta última también se utilizará para dar soporte radiocientífico durante el viaje. La estación de la Red de Espacio Profundo de la NASA en Goldstone (California, EE. UU.) se empleará para los datos radiocientíficos durante la misión principal.
El Centro de Operaciones Espaciales Sagamihara del ISAS/JAXA, a través de la antena de 64 m de Usuda (Japón), se encargará de las operaciones del Orbitador Magnetosférico de Mercurio (MMO) una vez que esté en órbita alrededor de Mercurio, mientras que ESOC continuará a cargo del Orbitador Planetario a Mercurio (MPO).
La ESA también será responsable de la misión y de las operaciones científicas del MPO. El Centro de Operaciones Científicas de BepiColombo estará en el Centro Europeo de Astronomía Espacial (ESAC) de Villafranca (Madrid). Desde allí se definirán y coordinarán las observaciones científicas, se asistirá a los equipos que operen sus instrumentos y se gestionarán los archivos de datos.
