Kilderne til Congofloden findes i højlandene og bjergene i den østafrikanske Rift så vel som Tanganyikasøen og Mwerusøen. Disse leverer vand til Lualabafloden, der bliver til Congofloden neden for Stanleyfaldene. Congo flyder generelt mod vest fra Kisangani lige neden for faldene, og bøjer derefter gradvist af mod sydvest, passerer Mbandaka, løber sammen med Ubangifloden og løber ud i Malebosøen. Floden løber ud i havet ved en lille by Muanda. Congofloden er sejlbar på størstedelen af strækningen, og det meste af handelen i Centralafrika passerer denne vej.

Congobækkenet er truet af nedhugning og afbrænding af skoven, udpining af jorden og af det voksende befolkningstal. 29 regeringer og et antal forskellige organisationer vil give omkring 115 millioner dollar til fremme af bæredygtig dyrkning af regnskoven. Dette projekt kaldes "Congo Basin Forest Partnership", og det omfatter en reduktion af fattigdommen, en styrkelse af administrationen og beskyttelse af den biologiske mangfoldighed.

Skovrydning

Fældningen af regnskoven i Congobækkenet udgør en stor trussel mod hele økosystemet, på grund af at dækket af tropisk regnskov i sig selv er en væsentlig faktor for den nødvendige nedbør. Disse skove er kendt for deres høje niveau af genbrug af vand. I Congobækkenet med 151 cm årlig nedbør stammer de 117 cm fra fordampning fra trædækket, omkring 77% af den samlede mængde. Kun 23% stammer fra oceaniske lavtryksområder.