Η στάθμη αυτών των ποταμών που τροφοδοτούν τη λίμνη έχει σημαντικές διακυμάνσεις ετησίως. Συνεπώς, η ισορροπία των υδάτων της λίμνης Τσαντ εξαρτάται από τη λεκάνη απορροής των ποταμών Σαρί και Λογκόνε, η οποία βρίσκεται περίπου 800 χιλιόμετρα μακριά.

Η στάθμη των υδάτων της λίμνης εναλλάσσεται σύμφωνα με το ρυθμό της εποχής των βροχών και μπορεί να προκαλέσει πλημμύρες σε χιλιόμετρα επίπεδης γης ή συρρίκνωση με αποτέλεσμα η λίμνη να καταλαμβάνει μικρότερη επιφάνεια. Οι πλημμυρισμένες περιοχές, με έκταση 8000 τετραγωνικών χιλιομέτρων, χρησιμοποιούνται τόσο από ψαράδες όσο και από αγρότες. Οι τελευταίοι τις χρησιμοποιούν για την καλλιέργεια ρυζιού στο νερό.

Η επιφάνεια της λίμνης Τσαντ μειώθηκε αισθητά τη δεκαετία του 1960, όταν η ποσότητα νερού που μετέφερε ο ποταμός Σαρί μειώθηκε κατά περισσότερο από 50 τοις εκατό. Η μείωση πήρε ανησυχητικές διαστάσεις στις περιόδους ξηρασίας τη δεκαετία του 1970. Η βόρεια λεκάνη της λίμνης στέγνωσε πλήρως και έμεινε μόνο λίγο νερό στα νότια. Η Νιγηρία έχασε πλήρως την πρόσβαση στα ελεύθερα ύδατα.

Επί του παρόντος, η στάθμη νερού της λίμνης Τσαντ βρίσκεται στα 240 μέτρα περίπου πάνω από τη μέση στάθμη της θάλασσας και καλύπτει περίπου 12.000 έως περισσότερα από 20.000 τετραγωνικά χιλιόμετρα (ανάλογα με το εάν πρόκειται για εποχή ξηρασίας ή βροχών). Το βάθος έχει διακυμάνσεις ανάλογα με την εποχή.  
 
Βαθύς υδροβιότοπος
 
Ο πυθμένας της λίμνης Τσαντ είναι επίπεδος και ρηχός – μόλις 10,5 μέτρα στο βαθύτερο σημείο του. Η ιδιαιτερότητα αυτή καθιστά τη λίμνη πολύ ευαίσθητη σε μικρές μεταβολές του βάθους. Ακόμη και πριν από την έναρξη της συρρίκνωσης, η λίμνη Τσαντ δεν ήταν πολύ πιο βαθιά από ό,τι είναι σήμερα. Για το λόγο αυτό, ενδεχομένως να είναι πιο σωστό να αναφέρεται ως «βαθύς υδροβιότοπος» και όχι ως λίμνη.

Εάν χρησιμοποιήσουμε τον όρο υδροβιότοπο, η λίμνη Τσαντ ήταν κάποτε ο δεύτερος μεγαλύτερος υδροβιότοπος της Αφρικής. Ήταν πολύ παραγωγική και υποστήριζε μεγάλη ποικιλία ειδών άγριας ζωής. Για το λόγο αυτό, ενδεχομένως να είναι πιο σωστό να αναφέρεται ως «βαθύς υδροβιότοπος» και όχι ως λίμνη. Εάν χρησιμοποιήσουμε τον όρο υδροβιότοπο, η λίμνη Τσαντ ήταν κάποτε ο δεύτερος μεγαλύτερος υδροβιότοπος της Αφρικής. Ήταν πολύ παραγωγική και υποστήριζε μεγάλη ποικιλία ειδών άγριας ζωής. Η λίμνη Τσαντ υπόκειται σε εποχιακές διακυμάνσεις της τάξης του 1 μέτρου περίπου κάθε χρόνο.
 
 
Διακυμάνσεις στάθμης νερού
 
Επειδή η λίμνη Τσαντ είναι επίπεδη και ρηχή, ανταποκρίνεται ιδιαίτερα σε μεταβολές της βροχόπτωσης.

Η ετήσια βροχόπτωση που κυμαίνεται μεταξύ 125 και 565 mm μετρήθηκε μεταξύ 1954 και 1972. Επομένως, όταν τα επίπεδα βροχόπτωσης είναι χαμηλά, όπως το 1972, η στάθμη του νερού μειώνεται πολύ γρήγορα. Αυτό οφείλεται στο ότι η βροχόπτωση, κατά μέσο όρο, αποτελεί το 20 έως 80% του όγκου της λίμνης Τσαντ ετησίως.

Λόγω των ιδιοτήτων τους εδάφους της λεκάνης Σαρί, η απορροή του νερού γίνεται με τη μορφή υδροστρωματοροής και όχι αργής διήθησης. Υπάρχει φυσικά κάποια καθυστέρηση μεταξύ της βροχόπτωσης ανάντη και της σχετικής ανόδου της στάθμης του νερού στη λίμνη Τσαντ. Οι περισσότερες βροχοπτώσεις παρατηρούνται μεταξύ Ιουνίου και Σεπτεμβρίου. Ωστόσο, ξαφνική και γρήγορη άνοδος της στάθμης της λίμνης μπορεί να παρατηρηθεί κατά το μήνα Νοέμβριο. Συνεπώς, η στάθμη του νερού είναι μέγιστη το Δεκέμβριο και μειώνεται σταδιακά τους επόμενους μήνες.