El caudal de ambos ríos fluctúa considerablemente a lo largo del año. Por tanto, las reservas de agua del lago Chad dependen de la cuenca hidrográfica de los ríos Chari y Logón, que está situada a unos 800 kilómetros de distancia.

El nivel de agua del lago varía al ritmo de las estaciones, lo que puede dar lugar a kilómetros de terreno inundado en la llanura durante la estación lluviosa o una disminución de su extensión durante la estación seca. Las zonas inundadas, que pueden ocupar 8000 kilómetros cuadrados, se utilizan para la pesca y la agricultura. Los agricultores las aprovechan para cultivar arroz por inundación.

La superficie del lago se redujo visiblemente en los años 60, cuando la cantidad de agua transportada por el río Chari descendió en más de un 50%. El descenso adquirió proporciones alarmantes durante las sequías de los años 70. La cuenca norte del lago se secó por completo y únicamente quedó una pequeña extensión de agua en el sur. Nigeria perdió por completo el acceso a las aguas superficiales.

En la actualidad, el nivel de agua del lago se sitúa a unos 240 metros sobre el nivel del mar y cubre una extensión aproximada de entre 12.000 y más de 20.000 km cuadrados (según sea la estación seca o lluviosa). La profundidad también fluctúa en función de la estación.  
 
Un humedal profundo
 
El lecho del lago Chad es plano y poco profundo (tan solo 10,5 metros en el punto más profundo). Esta peculiaridad hace que sea muy sensible a cualquier cambio de profundidad. Incluso antes de empezar a contraerse, no era mucho más profundo que ahora. Por esta razón, puede que sea más apropiado referirnos a él como un “humedal profundo” en lugar de un lago.

Si lo consideramos como un humedal, podemos afirmar que una vez fue el segundo humedal más grande de África. Era muy productivo y albergaba abundante vida silvestre. En la actualidad, el lago experimenta fluctuaciones de nivel cercanas a 1 metro cada año.
 
 
Fluctuaciones del nivel de agua
 
Dado que es un lago plano y superficial, el Chad es muy sensible a los cambios de la pluviosidad.

De 1954 a 1972 se registraron entre 125 y 565 mm de precipitaciones anuales. Por tanto, cuando llueve poco, como ocurrió en 1972, el nivel del agua desciende con mucha rapidez. Esto es porque las precipitaciones representan, de media, entre el 20% y el 80% del volumen de agua del lago cada año.

Debido a las propiedades del terreno en la cuenca del Chari, el paso del agua produce erosión laminar en lugar de filtrarse lentamente en el suelo. Naturalmente existe un lapso de tiempo entre las precipitaciones río arriba y la correspondiente subida del nivel en las aguas del lago. La mayor parte de la lluvia cae entre junio y septiembre. 2. Sin embargo, es posible observar un repentino ascenso del nivel del lago durante el mes de noviembre. Como consecuencia, el agua llega a sus niveles máximos en diciembre y va descendiendo gradualmente durante los meses sucesivos.